Mae 'na alwadau i ddiwygio'r modd mae ysgolion Cymru yn cael eu cyllido ar ôl iddi ddod i'r amlwg bod mwy nag un o bob 10 mewn dyled tra bod gan eraill gyfanswm o £70 miliwn wrth gefn.
Ym Mhen-y-bont ar Ogwr roedd dros draean o'r ysgolion yn wynebu diffyg ariannol.
Dywedodd llefarydd addysg y Ceidwadwyr Cymreig bod y ffigyrau yn "bryder".
Ond dywedodd Llywodraeth y Cynulliad mai cyfrifoldeb yr awdurdodau lleol oedd sicrhau bod ysgolion yn rheoli eu cyllidebau yn gywir.
Dywedodd undeb athrawon yr NASUWT nad ydi'r system bresennol yn gweithio ac mai addysg plant sy'n diodde.
Yn ôl Tim Cox o'r undeb dydi awdurdodau lleol yn aml ddim yn herio ysgolion sy'n cadw arian tu cefn.
Angen atebion
"Barn yr undeb ydi bod yr arian yn cael ei roi ar gyfer y disgyblion sydd yn yr ysgol yn y flwyddyn academaidd honno ac felly, fe ddylai gael ei wario arnyn nhw, ei wario ar eu haddysg nhw," meddai wrth raglen Politcs Show y BBC.
"Fe fydd 'na gynllun wrth gefn yn naturiol gan nad oes neb yn gwybod pa broblemau all eu hwynebu ond dydi hi ddim yn dderbyniol bod rhai ysgolion yn cadw cannoedd ar filoedd o arian wrth gefn."
Mae'r AC Ceidwadol Paul Davies wedi dweud bod rhaid i Lywodraeth y Cynulliad weithredu i ganfod atebion i'r sefyllfa.
"Dydi hi ddim yn gwneud synnwyr o gwbl bod 11% o ysgolion Cymru mewn dyledion tra bod 'na £70 miliwn wrth gefn," meddai'r llefarydd ar addysg.
Yn ôl Brian Lightman, pennaeth Ysgol Uwchradd St Cyres ym Mhenarth, Bro Morgannwg, mae o'n rhwystredig iawn o gael ei orfodi i wneud arbedion.
Mae'r ysgol yn wynebu diffyg ariannol ac wedi gorfod benthyca £150,000 ar gyfer adnoddau cyfrifiadur newydd.
Gwell adnoddau
"Ein prif flaenoriaeth ydi dysgu ac addysgu ac felly rydym wedi gweithio yn galed iawn i gadw'r staff gan ein bod yn credu nad oes 'na ddim pwysicach na chael athro o flaen dosbarth.
"Fe fyddwn yn hoffi cael gwell adnoddau, gwell dodrefn.
"Mae llawer o'r dodrefn yn hen a'r neges sy'n cael ei roi i blant ydi bod hi'n dderbyniol i dderbyn pethau eilradd.
"Nid dyna'r neges yr ydym eisiau ei gyflwyno."
Dywedodd llefarydd ar ran Llywodraeth y Cynulliad mai cyfrifoldeb yr awdurdodau lleol ydi sicrhau bod ysgolion yn rheoli eu cyllidebau yn iawn.
"Mae'n bosib bod 'na reswm cyfreithlon bod ysgol wedi cynyddu'r gronfa wrth gefn, er mwyn arbed ar gyfer estyniad newydd neu ddodrefn newydd."
CYSYLLTIADAU RHYNGRWYD:
NASUWT (Saesneg)
Llywodraeth y Cynulliad
Dyw'r BBC ddim yn gyfrifol am gynnwys safleoedd rhyngrwyd allanol