Mae posibilrwydd y bydd oedi am 12 mis ar gynlluniau i ffederaleiddio 55 o ysgolion cynradd yng Ngwynedd.
Dywed Plaid Cymru, y grwp sy'n rheoli'r cyngor, eu bod nawr am i'r broses o uno ysgolion dan un prif athro ddechrau yn 2009.
Yn ôl Plaid Cymru mae angen oedi oherwydd bod Llywodraeth y Cynulliad yn paratoi rheoliadau newydd.
Roedd yna nifer o brotestiadau a chyfarfodydd cyhoeddus wedi eu cynnal yn erbyn y cynlluniau.
Dywedodd y cynghorydd Dyfed Edwards, aelod portffolio ysgolion Gwynedd: "Rydan ni wedi bod yn cydweithio'n agos â swyddogion y cynulliad ar y mater ac wedi croesawu'r gwaith sydd yn digwydd.
"Mae rheoliadau presennol ffederaleiddio yn gaeth iawn sy'n golygu, er enghraifft, bod rhaid mynd trwy broses o gau ysgol cyn y gall fod yn rhan o ysgol ffederal.
"Rydan ni wedi dweud ers tro ein bod ni'n cynnig model gwahanol o ysgol ffederal na fydd yn golygu cau'r ysgolion unigol ac a fydd yn caniatáu mwy o hunaniaeth iddyn nhw, ac yn eu gwarchod ar gyfer y dyfodol."
Byddai'r cynllun ad-drefnu yn golygu ffederaleiddio 55 o ysgolion cynradd a chau 29 arall.
Dywed mudiad protest Llais y Bobl eu bod yn bwriadu ymladd nifer o seddi yn yr etholiadau lleol er mwyn rhwystro'r cynllun.
NEWIDIADAU ARFAETHEDIG YSGOLION CYNRADD
Dywedodd Mr Edwards fod y rheoliadau newydd yn fwy hyblyg, yn fwy cydnaws â'r sefyllfa yng Ngwynedd.
"Serch hynny, rydan ni newydd glywed na fydd Llywodraeth y Cynulliad yn gallu cyhoeddi rheoliadau ffederaleiddio newydd tan fis Medi 2009.
"Gan fod trefn ffederal yn ganolog i'n cynlluniau ni yng Ngwynedd i gadw cymaint o ysgolion yn agored â phosib, fe fyddwn ni'n argymell i'r cyngor oedi cyn symud ymlaen gyda'n cynlluniau ffederaleiddio nes y daw'r rheoliadau newydd i rym."
'Cryfder'
Mae Cymdeithas yr Iaith wedi croesawu'r cyhoeddiad.
Dywedodd Osian Jones, trefnydd y mudiad yn y gogledd: "Credwn mai arwydd o gryfder nid gwendid yw parodrwydd i wrando a newid safbwynt.
"Llongyfarchwn hefyd bawb sydd wedi bod yn ymgyrchu.
"... Cwbl anymarferol oedd ceisio mynd trwy'r broses fanwl o benderfynu dyfodol dau ddwsin o ysgolion y flwyddyn nesaf.
"Mae'n wirion ceisio gwneud hynny cyn i ni wybod am holl bosibiliadau newydd o ran cydweithio rhwng ysgolion a ddaw o ganllawiau newydd y Cynulliad.
"Tynnwn sylw, fodd bynnag, at y ffaith fod bygythiad o hyd i ddyfodol saith o ysgolion pentrefol Cymraeg yn y sir a bwriad i fynd trwy'r broses statudol i benderfynu eu dyfodol yn ystod mis ola tymor yr haf."
Fe fydd y cynnig i oedi'r cynllun Ffederaleiddio yn gorfod cael ei gymeradwyo gan y cyngor llawn.
Mae disgwyl i hynny ddigwydd ar ôl yr etholiadau lleol ym mis Mai.