Mae arolwg BBC Cymru yn dangos fod bron 76,000 o leoedd gwag yn ysgolion Cymru sy'n costio miliynau o bunnau i drethdalwyr bob blwyddyn.
Yn ôl yr ymchwil, mae'r sefyllfa yn amrywio o sir i sir ac ar ei gwaethaf yn Rhondda Cynon Taf lle mae dros 10,000 o leoedd gwag.
Daw canlyniadau'r arolwg wrth i Gyngor Caerdydd gyhoeddi cynlluniau i ad-drefnu addysg yn y brifddinas lle gallai 17 o ysgolion gau er mwyn arbed £3m y flwyddyn.
Fe fu disgyblion yn Ysgol Cantonian yn Y Tyllgoed, sydd wedi ei chlustnodi i gau, yn protestio ddydd Iau.
Mae bron 76,000 o lefydd gwag yn ysgolion Cymru wrth i nifer y plant sydd yn cael eu geni yng Nghymru ostwng.
Yn Sir Gaerfyrddin, lle mae dros 7,000 o lefydd gwag, mae cynlluniau ar y gweill i gau ysgolion.
Canoli'r dysgu
Dywedodd y Parch Tom Dafis, llywodraethwr yn Ysgol Bro Myrddin ac Ysgol y Dderwen yng Nghaerfyrddin, fod y cynlluniau'n achosi pryder yn y sir.
"Mae ysgolion yn debygol o gau yn Sir Gaerfyrddin ac maen nhw'n canoli'r dysgu wedyn mewn rhai ardaloedd.
"Nid yw'n effeithio ar Gaerfyrddin gymaint â hynny ond mae'r ardaloedd o gwmpas Caerfyrddin yn cael eu heffeithio'n ofnadwy ac mae nifer o ysgolion mewn peryg o gau.
"Fe fydd hynny'n golygu fod pobl yn gorfod teithio ymhell o'u hardaloedd i gael ysgol ac fe fydd ysgol sydd mewn cymuned ar hyn o bryd yn cael ei cholli ac mae ysgol yn bwysig i gymuned fach.
"Mae ysgol yng nghanol pentref yn tynnu pobl at ei gilydd a bydd hyn yn golled fawr i ardaloedd gwledig," meddai.
Yn aml, mae unrhyw sôn am gau ysgolion yn arwain at deimladau cryfion ymysg cymunedau.
Yn Sir Ddinbych mae'r cyngor wedi gorfod ail-edrych ar eu cynlluniau oherwydd bod eu hawgrym gwreiddiol ar gyfer cau ysgolion wedi ennyn ymateb chwyrn a phrotestio.
Swyddi
Yn Abertawe llwyddwyd i atal y cynlluniau i uno Ysgol Gymunedol Dylan Thomas ac Ysgol yr Esgob Gore.
"Mae Ysgol Dylan Thomas yn ysgol unigryw yn y ffordd mae'n darparu gwasanaeth i blant gydag anghenion arbennig," meddai'r Cynghorydd Rhodri Thomas.
"Dyma'r unig ysgol yng Nghymru bron sy'n gallu ymateb i'w hanghenion arbennig.
"Felly, yn sicr yng nghyd-destun Ysgol Dylan Thomas, fe wnaethon nhw'n bendant ddewis yr ysgol anghywir achos byddai'n amlwg i unrhyw nad rhoi'r plant yma mewn ysgol enfawr o hyd at 2,000 o blant yw'r ffordd ymlaen," meddai.
Dywedodd ysgrifennydd cyffredinol UCAC fod ad-drefnu ysgolion yn codi nifer fawr o gwestiynau am ddyfodol swyddi a chymunedau yng Nghymru.
"Yn bendant, os ydi'r patrwm ar hyn o bryd o ran lleihad yn niferoedd plant a lleoedd gwag yn ymestyn, bydd nifer sylweddol dan fygythiad o golli eu swyddi ac mae hyn yn achosi pryder mawr iawn i ni," meddai Gruff Huws.
"Fel undeb sy'n cefnogi'r iaith a'n cymunedau lleol rydyn ni'n bryderus am y dylanwad ... ar ein hardaloedd gwledig.
"Os ydych chi'n cau'r ysgol, fydd y rhai ifanc ddim yn symud i'r ardal a bydd yr iaith yn dirywio ..."