El rol del Líder Supremo en la constitución está basada en las ideas del Ayatolá Jomeini, quien lo posicionó en el lugar más alto de la estructura política de Irán.
El Líder Supremo, actualmente el Ayatolá Alí Jamenei, designa al jefe del sistema judicial, seis de los miembros del poderoso Consejo de Guardianes, los comandantes de todas las Fuerzas Armadas, los líderes oradores de los viernes y a los directores de radio y televisión.
El líder es elegido por los clérigos que conforman la Asamblea de Expertos.
Desencuentros entre el Líder Espiritual y el presidente han sido fuente habitual de tensión e inestabilidad política. Este fenómeno se incrementó durante la presidencia del reformista Mohamed Jatamí.